Виллаш-Боаш не имел опыта профессионального игрока, в детстве играл в футбол на любительском уровне и выступал за молодежные и взрослые команды в чемпионате Порту. Сначала до 15 лет в качестве вратаря в «Рибейренсе», затем в «Рамалденсе», где он начал играть на позиции опорного полузащитника, и в «Марешале Гомеше де Коште».
Бобби Робсон, который тренировал «Порту» с 1994 по 1996 год, сыграл важную роль в развитии Андре Виллаш-Боаша как тренера. Именно он отправил молодого человека в Шотландию для получения тренерской лицензии. В 17 лет Виллаш-Боаш получил лицензию категории C, в 18 лет — категории B и в 19 лет — категории A.
В 2000 году Андре уехал на Британские Виргинские острова, где стал техническим директором главной команды страны, но формально был ее главным тренером. Сборная участвовала в отборочных матчах чемпионата мира, но оба предварительных матча проиграла команде Бермудских островов. Таким образом, в 23 года Андре Виллаш-Боаш стал самым молодым тренером в мире.
Вернувшись на родину, Виллаш-Боаш начал тренировать молодежную команду «Порту» в возрасте до 19 лет. В 2002 году Жозе Моуринью, который работал техническим помощником Бобби Робсона в «Порту», был назначен главным тренером «Драконов». Хосе нанял Андре Виллаш-Боаша в качестве помощника по совету Робсона. В его обязанности входило наблюдение за будущими соперниками клуба и подготовка отчета об их игре и о каждом игроке соперника. После того как Моуринью перешел в «Челси» и «Интер», за ним последовал Андре Виллаш-Боаш тренер.
Прежде чем занять пост главного тренера «Академики» в 2009 году, Виллаш-Боаш работал переводчиком у Жозе Моуринью в «Челси» и «Интере». В новой команде Андре удалось дойти до полуфинала Кубка Португалии и покинуть последнее место в чемпионате страны, сохранив прописку в высшей лиге.
2 июня 2010 года Виллаш-Боаш подписал контракт с «Порту». Через два месяца команда выиграла первый трофей под его руководством: Суперкубок Португалии. Сильный старт ознаменовал начало лучшего сезона в истории клуба: «Порту» не проиграл в лиге и выиграл еще три титула в течение года, включая Лигу Европы УЕФА, потерпев всего 4 поражения в 58 играх.
По окончании сезона специалист получил приглашение переехать в Англию и возглавить «Челси», а после расставания с лондонским клубом в марте 2012 года перешел в другую команду из британской столицы «Тоттенхэм», во главе которой дважды признавался лучшим менеджером Премьер-лиги по итогам месяца, однако в декабре 2013 года был отстранен от работы.
С 20 марта 2014 года возглавляет «Зенит». Под его началом «бело-голубые» завоевали пятый в истории чемпионский титул, что позволило поставить золотую звезду на логотип клуба, а в 2015 году стали обладателями Суперкубка России, обыграв в решающем матче «Локомотив» в Петровском».
Виллаш-Боаш женат, имеет двух дочерей и сына. Он говорит на португальском, английском, испанском, итальянском и французском языках.
Своим увлечением называет автогонки и неоднократно заявлял, что планирует в будущем участвовать в ралли-марафоне «Дакар».
В настоящее время Андре Виллаш-Боаш — главный кандидат на пост главы сборной Марокко. Об этом заявило издание Le360. Вахида Халилходжича, скорее всего, уволят с поста главного тренера из-за конфликта с главной звездой национальной сборной. Приход Виллаш-Боаша поможет команде вернуть полузащитника «Челси» Хакима Зиеша, который недавно ушел из сборной.
Также отмечается, что речь идет о назначении португальского специалиста перед стартом ЧМ-2022. Бывший тренер «Зенита» с февраля безработный. Он покинул французский «Марсель» в разгар скандала из-за трансфера, сделанного клубом без согласия тренера. А Жак-Анри Эро сказал, что уволил самого Андре.